ตามหลักการของการวิเคราะห์ผลการศึกษาการไหลของน้ำเพื่อรักษาสิ่งแวดล้อม (Environmental Flow Assessment) ซึ่งสามารถผนวกขั้นตอนการศึกษาที่ขยายส่วนงานย่อยตามหลักวิธีการศึกษาประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม (Environment Impact Assessment) ซึ่งได้ใช้เป็นมาตรฐานอยู่แล้วในประเทศไทยแต่นำขั้นตอนและเครื่องมือทางด้านเทคนิคและวิชาการมาขยายเพิ่มเติม โดยยึดว่าการประเมินการไหลของน้ำเพื่อรักษาสิ่งแวดล้อมสอดคล้องกับวิธีการศึกษาและประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม โดยกรอบการศึกษาการไหลของน้ำเพื่อรักษาสิ่งแวดล้อมมีสมมติฐานพื้นฐานที่สำคัญ 4 เรื่อง ดังนี้

• น้ำในแม่น้ำตามธรรมชาติมีมากกว่าน้ำที่ต้องการในการรักษาสภาพที่เหมาะสมดีไว้ในระดับที่ยอมรับได้แล้ว ดังนั้น มีน้ำส่วนเกิน ซึ่งสามารถนำไปใช้เพื่อประโยชน์อย่างอื่นนอกเหนือจากการมีไว้เพื่อรักษาสิ่งแวดล้อม ระบบนิเวศและความเป็นอยู่ของประชาชน
• ลักษณะการผันแปรและรบกวนการไหลของน้ำตามธรรมชาติ มีความสำคัญในการรักษาสุขภาพของระบบนิเวศ
• ลักษณะการไหลของน้ำ สามารถจำแนกในรูปขององค์ประกอบการไหลที่มีความสำคัญต่อการรักษาระบบนิเวศ (Ecologically important flow components)
• หากไม่สามารถรักษาองค์ประกอบการไหลที่มีความสำคัญต่อการรักษาระบบนิเวศไว้ในแต่ละส่วนแล้วก็จะทราบถึงผลกระทบที่อาจจะเกิดขึ้นได้เป็นส่วน ๆ หรือผลกระทบรวมกันทั้งหมดได้ด้วย

จากสมมุติฐานดังกล่าวนี้ หากแม่น้ำโขงไม่ถูกทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงลักษณะการไหลตามธรรมชาติแล้ว (ซึ่งไม่ใช่สถานการณ์จริงแล้ว ในขณะที่มีการสร้างเขื่อนไฟฟ้าในแม่น้ำโขงสายประธาน) อิทธิพลจากการผันแปรและเปลี่ยนแปลงตามธรรมชาติจะช่วยรักษาและสนับสนุนการคงอยู่ของระบบนิเวศสำคัญไว้ได้ น้ำโขงควรมีการเปลี่ยนแปลงตามธรรมชาติ หากเช่นนั้นก็จะยังมีน้ำเหลือมากเกินพอที่มนุษย์จะนำไปใช้ประโยชน์ด้านอื่น ๆ นอกจากการรักษาสิ่งแวดล้อมและระบบนิเวศ แต่การพัฒนาเขื่อนไฟฟ้าพลังน้ำในแม่น้ำโขงสายประธานกำลังจะทำให้องค์ประกอบการไหลที่มีความสำคัญบางส่วนหายไปมากเกินกว่าในส่วนที่มีเกินพออยู่แล้วตามธรรมชาติหรือไม่ จะเป็นวัตถุประสงค์ของการศึกษา Environmental flow

โครงการฯ ได้ดำเนินการศึกษา วิเคราะห์ และประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมข้ามพรมแดน อ้างอิงตามหลักการและเครื่องมือประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมข้ามพรมแดน (Trans-boundary Environmental Impact Assessment : TbEIA, MRC) และนำผลที่ได้มาประเมิน และตรวจสอบอีกครั้งว่าพื้นที่มีแนวโน้มได้รับความเสี่ยงที่ผ่านการคัดเลือกตั้งแต่ช่วงต้นโครงการนั้น มีความเสี่ยงตามที่ได้ตั้งสมมติฐานและประเมินไว้ในเบื้องต้นหรือไม่ ซึ่งดำเนินการต่อเนื่องมาจากปี พ.ศ. 2563 โดยแบ่งการประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมออกเป็น 2 ด้าน คือผลกระทบด้านทรัพยากรธรรมชาติ และสิ่งแวดล้อม และผลกระทบด้านเศรษฐกิจ และสังคม โดยมีรายละเอียดดังนี้

1. ด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

จากกระบวนการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมข้ามพรมแดนจากรายงานการศึกษาของคณะกรรมาธิการแม่น้ำโขง (MRC, 2009) โครงการฯ ดำเนินการวิเคราะห์ผลกระทบข้ามพรมแดนที่มีโอกาสเกิดขึ้นในประเทศไทย จากการพัฒนาโครงการไฟฟ้าพลังน้ำ การวิเคราะห์และประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมข้ามพรมแดน ดังแสดงในรูปที่ 1 สำหรับผลกระทบด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมที่โครงการฯ ได้ดำเนินการประเมินนั้นเป็นประเด็นสำคัญที่เกี่ยวข้องกับผลกระทบข้ามพรมแดนโดยตรง ซึ่งประกอบด้วย 2 ส่วน คือ

1) ด้านกายภาพ : โครงการจะทำการวิเคราะห์ประเมินในประเด็นต่าง ๆ ดังนี้

• ปริมาณการไหลของน้ำและระดับน้ำ
• การเปลี่ยนแปลงของตลิ่ง
• การพัดพาของตะกอน
• คุณภาพน้ำและอื่น ๆ (ปรากฏการณ์น้ำโขงสีคราม)

2) ด้านชีวภาพ : โครงการได้ทำการวิเคราะห์ประเมินในประเด็นที่เกี่ยวข้องกับ

• ประมง

2. ด้านเศรษฐกิจและสังคม

การวิเคราะห์จะแบ่งออกเป็น 2 ส่วน คือ การศึกษา วิเคราะห์ และประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมข้ามพรมแดนด้านการให้บริการของระบบนิเวศ และผลกระทบด้านวิถีชีวิตความเป็นอยู่ และความเปราะบาง โดยมีเป้าหมายเพื่อปรับปรุงให้เกิดการเชื่อมโยง (causal linkages) ระหว่างการศึกษาผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อมและผลกระทบด้านเศรษฐกิจสังคมในประเด็นข้ามพรมแดน ผลกระทบสิ่งแวดล้อมที่เป็นผลกระทบหลัก (primary impacts) ผลกระทบต่อด้านเศรษฐกิจและสังคมซึ่งเป็นผลกระทบที่ต่อเนื่องตามมา (secondary and tertiary impacts) มากน้อย และเชื่อมโยงกับผลกระทบข้ามพรมแดน ในขอบเขตพื้นที่เสี่ยงสูงได้ในระดับใด และมีนัยสำคัญหรือไม่ โดยได้นำแนวทางการติดตามผลกระทบด้านสังคมและการวิเคราะห์ความเปราะบาง (Social Impact Monitoring and Vulnerability Assessment) มาใช้เพื่อให้เกิดความต่อเนื่อง แต่จะมีการปรับปรุงแบบสอบถามเพื่อให้ได้ข้อมูลเชิงลึกที่จะสามารถนำมาประเมินเรื่องการใช้ประโยชน์ในพื้นที่ให้ชัดเจนมากยิ่งขึ้น